A játékos Jaden Korr szerepét kapja, egy új diákét, aki a Luke Skywalker Jedi Akadémiájára érkezik a Yavin IV-re. Jaden Korr diáktársával, Rosh Peninnel együtt válnak Kyle Katarn újoncaivá, az előző játékok főhősének. Mint gyakornok, a játékos feladta különböző békefenntartó missziókban részt venni szerte a galaxisban.

A játék előrehaladtával, Jaden találkozik Ragnos Tanítványaival, a Sith-kultusszal, akik Erőt lopnak több helyről az egész galaxisban. A játékos megtudja, hogy a kultusz által vezetett Tavion, az egykori tanítványa Kyle ősellenségének, Desann-nak, a Jedi Outcastból. Tavion helyreállította a Ragnos Jogarát, amelynek módjában áll elszívni és szabadadon engedni az Erőt. Azt tervezi, hogy visszaállítja a Sithek hatalmát, úgy, hogy az ellopott energia segítségével feltámaszt egy ősi Sith urat, Marka Ragnost.

A történetnek két különböző befejezése van, attól függően, az Erő melyik oldalát választja a játékos. Miután Jaden megtudta, hogy Rosh elárulta a Jediket és csatlakozott Tavionhoz, a játékos eldöntheti, hogy megöli és átáll a sötét oldalra, vagy életben hagyja és marad az Erő világos oldalán.

Ha a játékos követi a sötét oldalt, Jaden megöli Rosht, de nem hajlandó csatlakozni a Sithekhez és segíteni feltámasztani Marka Ragnost. Jaden megöli Taviont, ellopja Ragnos jogarának a hatalmát, és miután legyőzte Kylet egy harcban, belefog egy hódító kampányba. Kyle túléli a párbajt, és megfogadja, hogy megállítja Jadent.

A kanonikus fény oldalán, Kyle és Jaden megmenti Rosht. Jaden megmássza Ragnos sírját, hogy szembenézzen Tavionnal. Miután legyőzte őt a harcban, Tavion testét megszállja Ragnos szelleme. Jaden elpusztítja a jogart, visszaűzi Ragnos szellemét a sírjában, miután legyőzte. Tavion mindkét befejezésben meghal.